La muraglia scoperta nel 1988 vicino alla Torre Manuzza e poi seguita con dei saggi di scavo attraverso tutto il pianoro non fa parte del sistema delle mura della città arcaico-classica. Spesso soltanto m 2.10 il muro è costruito in gran parte con materiali di spoglio e taglia, soprattutto, rigorosamente le insulae dell’età classica distrutte e rase al suolo. Come le mura dell’acropoli questo muro è stato eretto sicuramente dopo l’assalto cartaginese e fa dunque parte dello stesso sistema difensivo. Solo con questo allargamento dell’area cinta da nuove mura si spiega anche la testimonianza di Diodoro che Ermocrate si accampava a Selinunte con 6000 mercenari.
Al tempo della costruzione di questo muro le antiche strade tra le rovine erano ancora in uso, come dimostrano due posterule e soprattutto la grande porta a cortile disposte sulle principali plateiai.
A giudicare dai dati di scavo le mura di Manuzza, tuttavia, furono presto abbandonate, nel sec. IV qui si trovano soltanto alcune disperse tombe puniche.